Study abouT Chemistry, , ,

Kamis, 16 Januari 2014

Avogadro

AVOGADRO

Avogadro merupakan program pemodelan molecular. Kita dapat membuat molekul kimia dalam bentuk 3D, bentuk molekul dapat diputar 360

sesuai sumbu X Y maupun Z.
Fitur yang ada:

Molekul modeler dengan otomatis gaya-bidang optimasi geometri berbasis

- Mekanika Molekul termasuk kendala dan pencarian conformer

- Visualisasi orbital molekul dan isosurfaces (permukaan iso) umum

- Visualisasi getaran dan merencanakan spektrum getaran

- Dukungan untuk sel unit kristalografi

- Masukan generasi untuk Gaussian, GAMESS dan MOLPRO kimia kuantum paket

- Fleksibel Plugin arsitektur dan Python scripting

Kali ini saya akan berbagi tentang software untuk aplikasi kimia di sistem operasi Kimux, khususnya aplikasi untuk pembelajaran analisa struktur, tatanama, sifat dan kegunaan senyawa alkilalkanoat dan benzena. Adapun aplikasi yang bisa digunakan salah satunya adalah CHEMTOOL.
Apa itu Chemtool?

Chemtool adalah program untuk menggambar struktur terutama senyawa organik. Chemtool bergantung pada transfig oleh Brian Smith untuk mencetak postscript dan mengekspor file dalam format PicTeX dan EPS. Pendamping program Its, xfig, direkomendasikan untuk meningkatkan output chemtool, dan untuk pembuatan diagram 2D dan skema pada umumnya. Keduanya disertakan dengan kebanyakan distribusi Linux, dan tersedia melalui sejumlah website termasuk http://www.xfig.org. Jika Anda ingin mengimpor gambar chemtool ke program pengolah kata lain selain LaTeX, Anda mungkin akan ingin menambahkan bitmap pratayang kepada mereka, selama tidak ada StarOffice / OpenOffice atau bahwa perangkat lunak dari Redmond tampaknya dapat menampilkan sisipan postscript di layar tanpa mereka. Untuk tujuan ini, baik menggunakan ps2epsi, yang datang dengan ghostscript, atau epstool, bagian dari gsview dianjurkan. Sejak chemtool-1.6, opsi ini didukung langsung (melalui fungsi setara ditawarkan oleh versi terbaru dari transfig).adalah sebuah program kecil untuk menggambar struktur kimia pada sistem Linux dan Unix menggunakan toolkit GTK bawah X11.Chemtool mudah digunakan untuk menggambar selain terdapat tools untuk menghitung massa molekular. Instalasi chemtool sangat mudah karena beberapa distro besar memasukkan chemtool ke dalam repository mereka. Bahkan instalasi dari source codenya pun juga mudah. Nah sekarang ayo kita belajar cara menggunakan aplikasi chemtool. Pertama ketika Anda membuka aplikasi chemtool maka muncul tampilan seperti di bawah ini:

Tampilan templates-carboncycles.pilih struktur yang Anda kehendaki

Untuk templates sugars maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan

Untuk templates heterocycles maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Untuk templates amino acid maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Untuk templates symbols maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Cara memilihnya mudah sekali, misal saya menginginkan struktur glukosa, maka hanya mengeklik struktur glucose yang ada di tempaltes sugars dan hasilnya adalah:

Rabu, 15 Januari 2014

RasMOL

RasMOL

RasMol adalah program grafis molekul untuk visualisasi dari protein, asam nukleat dan molekul kecil. Program ini bertujuan untuk display, pengajaran dan generasi gambar berkualitas publikasi.
Program membaca file dalam bentuk koordinat molekul dan menampilkan molekul pada layar dalam berbagai skema warna dan representasi molekul. Saat representasi yang tersedia termasuk kedalaman-cued wireframes, ‘Dreiding’ tongkat, spacefilling (CPK) bola, bola dan tongkat, pita biomolekuler yang solid dan untai, label atom dan permukaan dot.

Paket ini menginstal dua versi RasMol, rasmol-gtk memiliki antarmuka GTK berbasis pengguna yang modern dan rasmol-klasik adalah versi dengan GUI Xlib tua.

2.AUTO-DOCK

Analisis ligan mengikat struktur protein

Autodock merupakan software untuk melakukan docking substrat ke protein ligan. Autodock melakukan docking otomatis senyawa kimia ke reseptor dari protein. Misalnya untuk memprediksi bagaimana molekul kecil, substrat, kandidat obat berinteraksi dengan protein yang telah struktur 3D-nya sehingga dapat diketahui faktor-faktor apakah yang mempengaruhi interaksi obat-protein dan bagaimana konfigurasi interaksinya.

AutoDock adalah program simulasi docking ligan kimia yang cukup kecil untuk reseptor protein agak besar.

GUI untuk membantu mengatur, memulai dan menganalisis dockings AutoDock

Paket ini merupakan bagian dari mgltools set perpustakaan Python yang menyediakan infrastruktur untuk analisis struktur protein dan docking mereka senyawa kimia.

AutoDock terdiri dari dua generasi perangkat lunak: AutoDock 4 dan AutoDock Vina.
AutoDock 4 sebenarnya terdiri dari dua program utama: AutoDock melakukan docking ligan untuk satu set grid menggambarkan protein target, autogrid pra-menghitung grid ini.
Selain menggunakan mereka untuk docking, jaringan afinitas atom dapat divisualisasikan. Hal ini dapat membantu, misalnya, untuk membimbing ahli kimia sintetik organik desain pengikat yang lebih baik.

AutoDock Vina tidak memerlukan memilih jenis atom dan pra-perhitungan peta grid untuk mereka. Sebaliknya, ia menghitung grid internal, untuk jenis atom yang diperlukan, dan hal ini hampir seketika.

AutoDock memiliki aplikasi dalam:

• X-ray kristalografi;

• struktur berbasis desain obat;

• memimpin optimasi;

• maya screening (HTS);

• kombinatorial perpustakaan desain;

• protein-protein docking;

CALACO 2.60.0148

CALACO 2.60.0148

Review :

CALACO melakukan konversi untuk Percepatan, Angle, Area, Energi, Panjang, Power, Tekanan, Kecepatan, Suhu, Waktu, Volume, dan Berat. Calaco menghitung titik didih pada tekanan dan dapat membantu Anda melakukan perhitungan kepadatan.

Fitur :

Percepatan, Angle, Area, Energi, Panjang, Power, Tekanan, Kecepatan, Suhu, Waktu, Volume, dan Berat, terdapat pula daftar titik didih dan kepadatan.

Tutorial Singkat

Cara menjalankan software ini sangat mudah, seperti software-software lainnya setelah selesai download akan muncul kotak dialog, klik Run kemudian Ikuti wizard instalasi yang cukup mudah, software siap dijalankan.

Sumber :

http://www.softpedia.com/progDownload/CALACO-Download-141638.html

Protein Insight

Protein Insight adalah perangkat lunak yang luar biasa yang memungkinkan Anda untuk memvisualisasikan struktur protein. A Microsoft Direct3D dan Microsoft net framework. Berdasarkan struktur protein Platform visualisasi. Karena Protein Insight sepenuhnya memanfaatkan shader vertex dan pixel shader, Protein Insight memiliki kecepatan rendering sangat cepat meskipun memiliki render berkualitas tinggi. Protein Insight juga sangat extensible dengan plug-in. Plug-in dapat ditulis dalam C #, Visual Basic, C + + / CLI dan bahasa lain yang didukung oleh kerangka bersih..

Fitur
1. Pilih, Toko dan Visualisasi:

Sebuah metode untuk visualisasi protein dalam Protein Insight sangat mudah dan intuitif. Pertama, Anda dapat memilih atom, residu, rantai dan / atau PDBs. Kedua, kelompok yang dipilih disebut Bagian Visual (VP). VP disimpan dalam daftar VP. Terakhir, masing-masing VP divisualisasikan pada visualisasi panel 3D. Dalam gambar ini, tiga bagian visualisasi ditampilkan, gaya tampilan permukaan, gaya tampilan pita dan bola-dan-tongkat gaya tampilan. Setiap VP memiliki sifat visualisasi mereka sendiri untuk mengubah gaya.

2. High Quality Real-time Rendering:

Setiap VP dalam daftar VP dapat diberikan dengan banyak pilihan rendering. Setiap VP diberikan dengan satu metode visualisasi seperti gambar rangka, bola, bola dan tongkat, ruang mengisi, pita atau permukaan. Setiap metode visualisasi memiliki pilihan render sendiri seperti skema warna, model dan membuat kualitas, pesawat kliping, transparansi dan sebagainya.

Setelah enam gambar menunjukkan PDB ID 3O4A, Model Tongkat, bola-dan-tongkat model, model pita, ruang model-fill, dua jenis model permukaan.

3. Sangat Extensible Plug-Ins:

Protein Insight mendukung sangat extensible plug-in. Plug-in yang. Net dan dibuat dengan Protein Insight atau compiler bersih. Seperti Microsoft Visual Studio. Plug-in dapat ditulis dalam C #, Visual Basic, C + + / CLI dan bahasa lain yang didukung oleh kerangka bersih..

4. Menciptakan Kualitas Tinggi film:

Protein Insight dapat menghasilkan film berkualitas tinggi. Ukuran film dapat lebih besar dari 800x600 dan SD atau film kualitas HD. Dalam program plug-in, Anda dapat mengambil screenshot dan kemudian membuat film dengan mereka. Berikut adalah contoh dari plug-in perangkat lunak dan film yang dihasilkan.

5. Visualisasi Properties:

Setiap VP memiliki sifat visualisasi sendiri. Oleh karena itu, Anda dapat dengan mudah memodifikasi banyak pilihan visualisasi dalam panel properti.

6. Tree View dan Residu View Pane

Dalam Protein Insight, ada tampilan struktur pohon dan melihat residu panel. Setiap panel berguna untuk memilih atom, residu, rantai dan / atau PDBs dan menunjukkan kepada mereka. Atom yang dipilih dalam tampilan struktur pohon, pandangan residu dan 3D visualisasi panel sepenuhnya disinkronkan

GenChemLab 1.0

GenChemLab 1.0

Review :

GenChemLab adalah simulator percobaan kimia. GenChemLab adalah sebuah aplikasi berbasis OpenGL dimaksudkan untuk mensimulasikan beberapa latihan umum kimia umum. Hal ini digunakan untuk membantu siswa mempersiapkan diri untuk pengalaman laboratorium yang sebenarnya. Hal ini juga bisa digunakan dalam kasus-kasus dimana fasilitas laboratorium tidak dapat diakses, misalnya di K-12 sekolah atau home schooling.

Fitur :

Saat ini, eksperimen yang didukung termasuk titrasi, kalorimetri, depresi titik beku, tekanan uap, dan spektrofotometri.

Persyaratan:
Versi ini harus berjalan pada sistem UNIX dengan OpenGL dan Qt 3.1 atau yang lebih baru. Program ini sedang dikembangkan pada RedHat 9 (Linux 2.4, Pentium III CPU).

Instalasi :
Pergilah ke direktori source dan ketik:
. / Configure
membuat
Kemudian, sebagai root, ketik:
make install
Data default dan dokumentasi direktori
/ Usr / local / share / genchemlab, jadi jika Anda tidak "make install", Anda akan
mungkin tidak dapat melihat file bantuan. Namun, semua standar
"Configure" Pilihan ini didukung untuk instalasi non-standar
lokasi.

Sumber :

http://linux.softpedia.com/progDownload/GenChemLab-Download-1273.html

http://linux.softpedia.com/get/Science-and-Engineering/Chemistry/GenChemLab-1273.shtml