SimLipid

SimLipid

Fitur

Kuat Struktur Lipid database

SimLipid Database  adalah database relasional besar berisi 8 kategori yaitu lipid.Gliserofosfolipid, Sphingolipid, Fatty Acyls, gliserolipid, Sterol, Prenols, Saccharolipids dan Poliketida dan Carnitines memiliki 36.299 spesies lipid. Database link lainnya termasuk Kyoto Encyclopedia of Gen dan Genom (KEGG), Human metabolome database (HMDB), Entitas Kimia Biologi Interest (CEBI), PubChem Zat Database, LIPIDBANK, dan LIPIDAT. Database terus diperbarui. Fragmen teoritis lipid dari kategori yaitu. Acyls lemak, gliserofosfolipid, gliserolipid, Prenols, Saccharolipids, Sphingolipid dan Sterol. tersedia bersama dengan massa teoretis mereka dan sesuai struktur fragmen.

Manajemen Proyek

SimLipid ® menyediakan manajemen proyek yang komprehensif, yang menghubungkan hasil analisis lipid dengan profil input dan parameter pencarian. Anda dapat membuat sejumlah proyek. SimLipid ® dapat mengimpor dataset besar hingga 500.000 scan dalam proyek, yang memungkinkan analisis kromatogram lengkap. SimLipid ® dapat mengimpor / rata disaring MS dan MS / MS scan berhubungan dengan retensi waktu window tertentu dan / atau berbagai prekursor m / z. Proyek-proyek dapat diklasifikasikan berdasarkan sumber, laboratorium atau tujuan penelitian. SimLipid ® memungkinkan penyortiran data daftar puncak atas dasar Prekursor Ion m / z, Biaya Negara, Retention Time, Intensitas dan Drift Waktu untuk format file yang didukung. Untuk mzXML dan mzData file, pemilahan dapat, di samping itu, dilakukan pada Pindai Tidak, Parent Pindai ada dan MS Tingkat. Ini memfasilitasi penyelidikan nyaman data yang tersebar di seluruh scan yang berbeda atau profil dengan memungkinkan memicu analisis MS / MS dari puncak bunga. Scan / spektrum yang lipid diidentifikasi adalah kode warna dengan nama / singkatan / rumus molekul lipid diidentifikasi ditampilkan sepanjang sisi.

High Throughput MS Lipid Pencarian

SimLipid ® memungkinkan throughput yang tinggi profil lipid dari beberapa Data MS daftar puncak dengan mencari ion prekursor lipid terhadap struktur lipid yang dikenal tersedia di SimLipid database untuk Sphingolipid, Fatty Acyls, gliserolipid, Sterol, Prenols, Saccharolipids, Poliketida dan gliserofosfolipid dan Carnitines ®. Pengguna dapat melakukan MS Lipid Mencari data resolusi tinggi dengan toleransi kesalahan kurang dari atau sama dengan 50 ppm atau 2000 milliDalton (MDA). SimLipid ® mendukung [M + H], [M + NH4], [M + Na], [M + C5H12N], [M + Li] ion dalam modus ion positif dan [MH], [M + Aco], [ M + Cl], [M-CH3], [M + OAcO] dan [M + HCOO] dalam modus ion negatif. Pengguna juga dapat memicu analisis data ion produk dari profil lipid MS. Lipid yang diprofilkan sesuai dengan prekursor m / z dapat diverifikasi menggunakan data ion produk untuk spesies lipid calon. SimLipid ® mendukung identifikasi struktural dengan skor probabilistik menggunakan data MS / MS untuk 29.484 lipid termasuk Fatty acyls, gliserofosfolipid, gliserolipid, Prenols, Saccharolipids, Sphingolipid dan Sterol.

Pengguna dapat mengimpor spesies ion untuk nilai prekursor m / z yang telah dimasukkan dalam pencarian throughput yang tinggi, dari daftar standar nilai m / z dan spesies ion yang sesuai. Ini memudahkan pencarian MS / MS dalam mode ion variabel dan untuk adduct yang berbeda. Beberapa pilihan yang tersedia untuk memilih MS dan MS / MS profil untuk dimasukkan dalam menjalankan batch yang berdasarkan waktu retensi, prekursor m / z dan intensitas.

MS lipid hasil pencarian meliputi:

1. M eksperimental / z: m / nilai z yang diperoleh dari data eksperimen.
2. Teoritis m / z: m / nilai z yang diperoleh dari basis data SimLipid ®.
3. Delta Mass: Perbedaan antara eksperimen nilai m / z dan nilai m / z teoritis dari lipid cocok dari SimLipid Database ®.
4. Intensitas: Intensitas nilai sesuai dengan nilai m / z.
5. Lipid Kategori: Pengguna dapat memilih Lipid Kategori, Lipid Class dan Sub Class untuk menyaring hasil pencarian.
6. Singkatan: Ini berisi informasi struktur lipid dalam format berikut: 'group Head (sn1/sn2)'. Misalnya PC (16:00 / 00:00), PS (16:00 / 18:01 (9Z)). Z menunjukkan jumlah ikatan rangkap pada posisi ke-9.
7. Jenis Ion: Ion didukung dalam mode ion positif dan negatif.
8. Struktur Lipid: Menampilkan struktur molekul lipid. Seiring dengan struktur, singkatan juga ditampilkan.
9. Informasi Lipid: Ketika pengguna memilih lipid tertentu, informasi lipid tambahan seperti Lipid ID, Lipid Singkatan, Nama sistematis, Lipid Kategori, Main Class, Sub Class, Lipid Mass, Lipid Komposisi dan Link database lain untuk setiap struktur lipid mungkin adalah ditampilkan.

High Throughput Lipid Struktural Penjelasan menggunakan MS / MS dan MS ^E data

SimLipid ® mendukung penjelasan struktural lipid menggunakan MS / MS dan data MS ^Euntuk Fatty acyls, gliserofosfolipid, gliserolipid, Prenols, Saccharolipids, Sphingolipid dan Sterol dan Carnitines untuk tahun 2000 scan dalam modus batch. Lipid diidentifikasi diurutkan berdasarkan algoritma peringkat inovatif yang menunjukkan tingkat relatif kedekatan lipid teoritis dengan data eksperimen. Resolusi tinggi data massa akurat dengan toleransi kesalahan antara 1-50 bagian per juta (ppm) dan 0,1-2000 milliDaltons (MDA) dapat dianalisis. Dua dimensi struktur lipid diidentifikasi juga ditampilkan. Hasil untuk pencarian HTP dapat diambil oleh Search ID dan diekspor dalam format Excel / CSV / HTML.

High Throughput Lipid Profiling dan Penghitungan

SimLipid ® memungkinkan mengukur lipid yang sesuai dengan puncak diamati pada spektrum MS. Kuantifikasi dilakukan dengan normalisasi nilai intensitas berdasarkan intensitas diamati dari standar internal yang dipilih. Program ini memfasilitasi spesifikasi endogen lipid eksogen / sebagai standar internal. Untuk mengaktifkan kuantifikasi lipid dari spektra resolusi rendah, SimLipid ® mengoreksi intensitas untuk tumpang tindih isotop. Hal ini memudahkan kuantifikasi akurat lipid dari campuran biologis. Data yang diukur bersama dengan informasi lain seperti puncak m / z, rumus molekul, dikoreksi, dikoreksi dan intensitas normal dalam sampel yang berbeda dapat diekspor ke spreadsheet yang kompatibel csv. Dan. Format xls.

LC MS dan LC-MS / MS Tinggi Pengolahan Data throughput

SimLipid ® mendukung LC-MS dan LC-MS / MS metode pengolahan data throughput yang tinggi seperti deteksi puncak, smoothing, kromatogram dekonvolusi, keselarasan puncak, puncak deisotoping dan identifikasi aduk sesuai dengan puncak terdeteksi. SimLipid ® dapat membaca LC-MS data mentah dari *. Mentah (Thermo Scientific ™), mzData dan file data mzXML dan menghasilkan peaklists untuk 15 file data mentah (LC-MS berjalan) dalam menjalankan tunggal. SimLipid ® meluruskan terdeteksi nilai puncak m / z untuk sesuai MS / MS spektra memungkinkan identifikasi mulus struktur lipid menggunakan prekursor dan data ion produk dari MS dan MS / MS data.

SimLipid ® juga memfasilitasi analisis komparatif dan kuantitatif lipid diidentifikasi dari sampel biologis yang berbeda. Puncak dideteksi dari peaklists berbeda selaras berdasarkan kesepakatan dari waktu retensi, m / nilai z, mengamati intensitas dan biaya negara menggunakan RANSAC dan teknik loess. Sampai dengan 10 peaklists dapat selaras dan hasilnya dapat diekspor ke HTML, CSV dan format MS Excel.

Mass Spectra Anotasi dengan Lipid Diidentifikasi

SimLipid ® dapat membubuhi keterangan spektrum massa dengan lipid diidentifikasi untuk MS, MS / MS serta data MS ^E. Hal ini membantu dalam menafsirkan spektrum massa dengan menyoroti nilai-nilai m / z eksperimental yang cocok dengan struktur lipid teoritis dari database produk. Untuk karakterisasi lipid yang lebih baik, setiap puncak cocok dapat dijelaskan dengan baik nama fragmen lipid atau rumus kimia lipid yang sesuai nya.

Spektrum massa beranotasi dapat diputuskan / re-ukuran baik untuk muat pada halaman atau berdasarkan area of ​​interest. Seorang pengguna dapat memperbesar / keluar ke lokasi petak tertentu menggunakan kursor mouse atau dengan menentukan rentang m / z.Selanjutnya, pengguna dapat mengekspor spektrum dijelaskan sebagai gambar (dalam format PNG dan JPEG) yang dapat dimasukkan dalam MS PowerPoint, memfasilitasi berbagi di antara kelompok penelitian informasi.

Menghasilkan Laporan

Setelah menganalisis data spektrometri massa, pengguna dapat menghasilkan laporan berorientasi tujuan dalam HTML, csv dan format MS Excel dari 50.000 MS dan MS / MS profil.Pengguna dapat mengatur SimLipid ® untuk meluncurkan laporan secara otomatis setelah melakukan analisis. Laporan yang dapat dihasilkan adalah untuk:

• Diprofilkan MS Spectra: Sebuah analisis komparatif kelimpahan lipid diprofilkan hadir dalam sampel biologis yang berbeda dapat dihasilkan untuk studi biomarker. 
• MS dan MS / MS Data: Laporan ini menampilkan positif palsu sesuai dengan suatu nilai m prekursor / z yang biasanya ditemui di MS mencari dan skor probabilistik lipid diidentifikasi selama analisis data ion produk. Laporan tersebut dihasilkan dengan menggabungkan profil lipid MS dan profil lipid MS / MS atau MS ^E pelengkap. 
• Beberapa Data Sets: Sebuah laporan yang berisi analisis komparatif dari lipid diprofilkan dari MS yang berbeda atau MS / MS spektra yang diperoleh dalam mode ion yang berbeda dan aduk. 
• Retensi Waktu: Laporan ini memungkinkan pengguna untuk menyelidiki ion fragmen diamati pada MS / MS spektra yang diperoleh dalam mode ion variabel dengan meluruskan profil MS / MS berdasarkan waktu retensi. Ini memberikan solusi alur kerja lengkap untuk mengidentifikasi struktur lipid diketahui milik kategori seperti GP, SP, GL dll dimana ion diagnostik sesuai dengan rantai asam lemak yang diamati dalam spektrum negatif sementara mereka sesuai dengan kepala kelompok yang diamati dalam positif spektrum ion.