RasMOL

RasMOL

RasMol adalah program grafis molekul untuk visualisasi dari protein, asam nukleat dan molekul kecil. Program ini bertujuan untuk display, pengajaran dan generasi gambar berkualitas publikasi.
Program membaca file dalam bentuk koordinat molekul dan menampilkan molekul pada layar dalam berbagai skema warna dan representasi molekul. Saat representasi yang tersedia termasuk kedalaman-cued wireframes, ‘Dreiding’ tongkat, spacefilling (CPK) bola, bola dan tongkat, pita biomolekuler yang solid dan untai, label atom dan permukaan dot.

Paket ini menginstal dua versi RasMol, rasmol-gtk memiliki antarmuka GTK berbasis pengguna yang modern dan rasmol-klasik adalah versi dengan GUI Xlib tua.

2.AUTO-DOCK

Analisis ligan mengikat struktur protein

Autodock merupakan software untuk melakukan docking substrat ke protein ligan. Autodock melakukan docking otomatis senyawa kimia ke reseptor dari protein. Misalnya untuk memprediksi bagaimana molekul kecil, substrat, kandidat obat berinteraksi dengan protein yang telah struktur 3D-nya sehingga dapat diketahui faktor-faktor apakah yang mempengaruhi interaksi obat-protein dan bagaimana konfigurasi interaksinya. 

AutoDock adalah program simulasi docking ligan kimia yang cukup kecil untuk reseptor protein agak besar.

GUI untuk membantu mengatur, memulai dan menganalisis dockings AutoDock

Paket ini merupakan bagian dari mgltools set perpustakaan Python yang menyediakan infrastruktur untuk analisis struktur protein dan docking mereka senyawa kimia.

AutoDock terdiri dari dua generasi perangkat lunak: AutoDock 4 dan AutoDock Vina.
AutoDock 4 sebenarnya terdiri dari dua program utama: AutoDock melakukan docking ligan untuk satu set grid menggambarkan protein target, autogrid pra-menghitung grid ini.
Selain menggunakan mereka untuk docking, jaringan afinitas atom dapat divisualisasikan. Hal ini dapat membantu, misalnya, untuk membimbing ahli kimia sintetik organik desain pengikat yang lebih baik.

AutoDock Vina tidak memerlukan memilih jenis atom dan pra-perhitungan peta grid untuk mereka. Sebaliknya, ia menghitung grid internal, untuk jenis atom yang diperlukan, dan hal ini hampir seketika.

AutoDock memiliki aplikasi dalam:

• X-ray kristalografi;

• struktur berbasis desain obat;

• memimpin optimasi;

• maya screening (HTS);

• kombinatorial perpustakaan desain;

• protein-protein docking;